内厝澳码头和三丘田码头均是厦门市的码头地标，也是当地比较知名的旅游景点。这两个码头的区别主要集中在两点：一是时间，内厝澳码头是近两年新建的码头，各项设施都要完备一些，三丘田码头是扩建码头；二是位置，以鼓浪屿作为分界线，内厝澳码头位于西面，三丘田码头位于东面。

三丘田码头比内厝澳码头更靠近市区，所以游客会更方便登岛。从硬件设施上相比，内厝澳码头绝对是第一位的，因为它是新建项目，各项设备都是最先进和最完善的。