内蒙古自然博物馆以展现自然界的生物、化石、矿石为主，帮助游客感受内蒙古的地大物博。博物馆每周一休息，不对外开放，周二至周六营业，市民凭借身份证可以免费进入参观，开馆时间是在9：00-17：00，下午四点之后停止售票。

内蒙古自然博物馆采取的是开放式布局，一共分为五层，里面包括了农、林、动物、植物、矿石等10多个不同的领域。第一层是内蒙古展厅，主要展现内蒙古的森林以及广袤的土地；第二层是远古展厅，展示的是生物进化史；第三层是矿产资源；第四层是绿色植物展厅，第五层是恐龙展厅。