工厂店和旗舰店的区别主要在于：首先工厂店是采用一个直接从工厂到消费者的销售模式，基本上是摒弃了所谓的中间商和一些分级的批发商、代理商等等环节；而旗舰店就是一个有足够消费者保障的销售专卖点，从工厂到旗舰店再到消费者，中间有一个保障。其实旗舰店是大多数的小企业或者是大企业在营销的过程中设在一个比较高级别的品牌形象的展示点，这个点可以是一个现实中的店面也可以是一个网络的店面，一般来讲基本上就是客流极强、销售比较好的店面，而工厂店则没有这些考量，直接销售给顾客。